Ribo-seq(核糖体印迹分析测序)是一项革命性技术。它能在全基因组水平上精准“捕捉”正在被核糖体翻译的mRNA片段(核糖体保护片段),直观呈现细胞内蛋白质合成的动态过程,提供翻译层面的“实时快照”。
当核糖体沿mRNA链移动进行翻译时,会结合并“保护”一段约26-34个核苷酸的序列不被核酸酶降解。这段序列被称为“核糖体足迹(RPF)”。通过对这些足迹进行高通量测序,我们就能精确捕捉核糖体在mRNA上的分布位置与翻译密度。
Frame-resolved Ribo-seq (frRibo-seq) 为公司自研新一代超高分辨率翻译组技术,依托自研优化酶切、片段筛选与建库体系,精准剔除背景杂片段,实现单碱基精度定位翻译区域、精准判定核糖体停留位点、量化基因翻译效率。技术应用成果已发表于SCI核心期刊Nature Communications。
测序数据预处理流程
起始测序文库构建:制备转录组与Ribo‑seq样本,获得原始下机测序数据。
测序数据质量控制:去除低质量碱基、接头及污染序列。
得到Clean data:产出高质量Clean reads,作为分析基础。
比对参考基因组:将Clean data比对到物种的参考基因序列上,统计基因转录丰度和核糖体片段分布情况。
核心下游分析内容
样本相关性分析:计算组内和组间样本的相关性系数,验证实验可靠性。
转录组水平分析:筛选差异基因,GO‑KEGG富集解析生物学功能。
翻译停滞分析:定位核糖体停滞基因及位点,分析翻译延伸受阻问题。
翻译效率TE分析:筛选翻译效率差异基因,挖掘翻译水平特异变化通路。
密码子偏好性分析:统计密码子使用频率,研究其对核糖体移动速率的调控作用。
frRibo-seq项目提供样本处理、核糖体足迹富集、高精度建库测序、深度生信挖掘、定制可视化报告一站式闭环技术服务。依托超高精度翻译组检测体系,精准解析精细翻译调控机制、挖掘新型翻译功能分子与药物靶点,助力用户突破科研创新瓶颈。