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基因组DNA提取/土壤基因组DNA抽提试剂盒(离心柱式)
土壤基因组DNA抽提试剂盒(离心柱式)
土壤基因组DNA抽提试剂盒(离心柱式)
土壤基因组DNA抽提试剂盒(离心柱式)
一种采用三步脱腐法去除腐殖酸等土壤污染因子后抽提土壤中微生物基因组DNA的试剂盒。


产品货号

产品规格

目录价

促销价

HX3012

50次

540.00

486.00


产品信息

土壤基因组DNA抽提试剂盒(离心柱式),也称土壤总DNA抽提试剂盒、土壤微生物DNA抽提试剂盒、土壤微生物基因组DNA抽提试剂盒等,是一种采用三步脱腐法去除腐殖酸等土壤污染因子后抽提土壤中微生物基因组DNA的试剂盒。抽提获得的DNA可以应用于PCR、qPCR或基因组学研究等下游实验。土壤微生物,是土壤中细菌、真菌、放线菌和古菌等微生物的总称,是土壤生态系统的重要组成部分。土壤微生物在土壤结构、土壤养分与肥力、有机质分解和支持植物生长等方面起着至关重要的作用。各种分子生物学方法如PCR、qPCR、高通量测序和宏基因组学等因精度高,成本合理,操作简单等优点广泛地应用于土壤微生物研究,而高效率、高质量地提取土壤微生物总DNA是此类分子生物学研究方法的前提和基础。土壤微生物通常紧紧吸附在土壤颗粒表面,常因难以分离而导致菌体裂解不完全,DNA电泳时呈现弥散条带。同时,土壤中富含腐殖酸、酚类化合物和重金属等污染物,腐殖酸具有和DNA相似的分子结构和理化性质,通常会随着DNA被共同提取和纯化,残留的腐殖酸会抑制下游的PCR扩增和内切酶消化等分子生物学研究。

本试剂盒通过三步脱腐步骤,可去除土壤中绝大部分的腐殖酸、酚类化合物和重金属等污染物,同时采用研磨珠机械破碎直接提取法,裂解绝大多数土壤微生物,以超高提取率获得高质量、高浓度的土壤微生物DNA。首先土壤样品使用脱腐缓冲液去腐,在裂解液和陶瓷研磨珠作用下裂解释放DNA,离心获得裂解上清液,随后加入适合DNA结合到纯化柱上的缓冲液,然后加入到纯化柱内。通过高速离心,使DNA在穿过纯化柱的瞬间,结合到纯化柱上,随后通过三次洗涤去除各种杂质,最后通过洗脱液把DNA洗脱下来,抽提获得的土壤样品基因组DNA纯度高。本试剂盒提供的纯化柱对于DNA的最大容量约为30 μg,抽提获得的DNA A260/A280的范围通常在1.6-1.8之间,腐殖酸残留少,对下游PCR等实验无抑制效果。使用安全、高效,通过特殊的柱纯化介质进行DNA分离纯化,能有效避免常规方法抽提DNA时使用的酚、氯仿等有毒有害有机试剂。操作快速、便捷,采用柱纯化,无需繁琐的DNA沉淀步骤,纯化DNA操作过程仅需约15 min即可完成。适用范围广,本试剂盒适用于花坛土、花盆土、农田土、树林土、腐殖土、红土、黑土和褐土等多种土壤样品,可有效裂解土壤中的革兰氏阳性菌、真菌、细菌和放线菌等土壤微生物。本试剂盒的标准操作步骤抽提得到的总DNA含有少量RNA,但如果按照可选步骤加入RNase A进行RNA的去除,就可以获得不含RNA的高纯度总DNA。本试剂盒小包装可用于50个土壤样品的基因组DNA抽提。


产品应用

采用三步脱腐法去除腐殖酸等土壤污染因子后抽提土壤中微生物基因组DNA的试剂盒。抽提获得的DNA可以应用于PCR、qPCR或基因组学研究等下游实验。


产品保存

室温保存,一年有效。


产品组分

组分编号

组分名称

组分规格

HX3012-1

脱腐缓冲液I

55 ml

HX3012-2

脱腐缓冲液II

55 ml

HX3012-3

脱腐缓冲液Ⅲ

55 ml

HX3012-4

裂解液

33 ml

HX3012-5

结合液

22 ml

HX3012-6

洗涤液I (首次使用前加7 ml无水乙醇)

21 ml

HX3012-7

洗涤液II (首次使用前加48 ml无水乙醇)

32 ml

HX3012-8

洗脱液

11 ml

HX3012-9

研磨珠

14 g

HX3012-10

2 ml研磨管

50个

HX3012-11

DNA纯化柱及废液收集管

50套


注意事项

1. 新鲜的土壤样品会得到更高的DNA抽提效率,不同土壤样品的保存条件请自行摸索或查阅文献。

2. 本试剂盒除特别说明外,所有操作均在室温进行,操作时无需冰浴。所有离心也均在室温进行。

3.  需使用无水乙醇和温度可以达到70ºC的恒温混匀仪,请提前作好准备。

4. 除特别说明外,每次Vortex应控制在5-10 sec左右。

5. 如需制备不含RNA的高纯度总DNA,需自备RNase A。

6. 废液收集管在一次抽提中需多次使用,切勿中途丢弃。

7. 温度较低时裂解液或结合液中可能会有沉淀产生,属正常现象。使用前必须检查一遍,如有沉淀,55ºC水浴孵育使沉淀溶解,混匀后使用。

8. 第一次使用前小包装洗涤液I需添加7ml无水乙醇,洗涤液II需添加48ml无水乙醇,混匀,并在瓶上做好标记

9. 本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

1. 土壤样品脱腐:

a. 取250 mg土壤样品至2 ml研磨管中。

b. 加入1 ml脱腐缓冲液I,Vortex 1 min,14,000×g离心1 min,弃去上清。

c. 加入1 ml脱腐缓冲液II,Vortex 2 min,14,000×g离心1 min,弃去上清。

d. 加入1 ml脱腐缓冲液Ⅲ,Vortex 2 min,14,000×g离心1 min,弃去上清。

2. 土壤微生物裂解

a. 向上述2 ml研磨管中加入250 mg研磨珠(约22-24个)和600 μl裂解液,Vortex混匀后,在涡旋震荡仪上以最大速度Vortex 10 min。也可以使用高通量组织研磨仪进行研磨,通常设置为频率25 Hz,时间为10 min。

b. (选做)清除RNA。如果希望获得不含RNA的高纯度总DNA,可在本步骤加入4 μl 100 mg/ml RNase A。

c. 将2 ml研磨管在恒温混匀仪上以70ºC、1200 rpm震荡孵育10 min。

d. 14,000×g离心2 min或≥18,000×g离心1 min,取上清液(约500 μl)至新的1.5 ml离心管中。

e. 向上述1.5 ml离心管中加入400 μl结合液,Vortex混匀。

f. 加入200 μl无水乙醇,Vortex混匀。

g. 14,000×g离心2 min或≥18,000×g离心1 min。

3. 纯化DNA

a. 将步骤2f中的混合溶液加入到DNA纯化柱内,14,000×g离心1 min,倒弃废液收集管内液体。

b. 向纯化柱中加入500 μl洗涤液I,14,000×g离心1 min,倒弃废液收集管内液体。

c. 向纯化柱中加入600μl洗涤液II,14,000×g离心1 min,倒弃废液收集管内液体。

d. 重复步骤3c一次。

e. 14,000×g离心2 min或≥18,000×g离心1 min,以去除残留的乙醇。

f. 将DNA纯化柱置于一洁净的1.5 ml离心管上,室温静置3-5 min,以彻底晾干。

g. 加入30-100 μl洗脱液。室温放置1-3 min。14,000×g离心1 min。所得液体即为纯化得到的总DNA。

注:

1)  步骤3a切勿吸取底部沉淀,进行本步骤前需将纯化柱置于废液收集管上,倒弃废液后回收废液收集管纯化柱最大,容量为600 μl,超过600 μl的混合溶液可分多次过柱纯化。

2)  洗涤时需将纯化柱置于废液收集管上,倒弃废液后回收废液收集管。

3) 不可把步骤3d的离心时间延长而省略步骤3e,倒弃废液后再离心可以确保充分去除残留的乙醇。

4) 洗脱液需要直接加至纯化柱管内柱面中央,使液体被纯化柱吸收。如果有必要,可以使用去离子水。使用较小体积的洗脱液可以使获得的总DNA的浓度较高,但洗脱下来的DNA量相对较少。洗脱液的pH对洗脱效率有很大影响,使用去离子水洗脱时应保证其pH值在7.0-8.5之间。如果对于获得较多量的DNA非常重要,可以在第一次洗脱后,再用同体积洗脱液重复洗脱一次。第二次洗脱可增加DNA洗脱量,但会降低洗脱DNA的浓度。经65ºC预热过的洗脱液可增加DNA的洗脱量。

Q:为什么纯化获得的基因组DNA偏少?

A:土壤类型(如高腐殖质、黏土或砂质土壤)影响细胞裂解效率;裂解不充分(机械破碎或化学裂解不足);DNA吸附到离心柱不彻底(缓冲液pH或盐浓度不合适);洗脱体积过大或洗脱液未预热(影响DNA从膜上释放)。

Q:为什么纯化柱会出现堵塞?  

A:土壤颗粒或裂解碎片未完全离心去除或样本黏稠(如多糖含量高)。

Q:为什么基因组DNA降解?

A:未加入RNase A,可按使用说明的要求加入清除RNA的步骤;洗涤不充分;吸附柱膜内残留乙醇,确保空柱离心1 min后开盖晾干,使残留的乙醇完全挥发。

Q:为什么电泳的DNA条带模糊或加样孔位置较亮?

A:有蛋白等杂质污染;DNA完全或部分降解;DNA上样量过多,可以按照胶孔体积适当加入;电泳条件不对或需要更换使用新的电泳缓冲液;一些较大的基因组会堵在孔中,较难发生电泳迁移,造成孔内较亮;琼脂糖凝胶浓度较高会造成孔内较亮,合适的凝胶浓度通常宜为0.8-1%。

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